v1.3.9 在 v1.3.8 基础上有很多改进和修正，包括：
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兼容 PHP 5.3.x
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改进 PCI 扫描，防止常见的错误
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改进 SSL 检测
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Session 处理改进：特别针对IE改进了共享型 SSL 配置
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Session 处理改进：结束时关闭、删除多余的初始化等等
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改进了搜索功能
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改进了防止黑客的功能
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/images/ 目录增加了 .htaccess 文件，以及其它一些安全更新
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产品页面和产品列表现在支持 Canonical 网址(权威网址)，参见 /includes/init_includes/init_canonical.php
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改进开发工具 (智能搜索、大小写敏感选项等)
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USPS 模块更新为 RateV3 接口并包含所有直到 2010年4月的更新
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PayPal 英国 - 支持3D 安全
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支持 PayPal 的微支付 (micropayments)
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当fsockopen() 被禁用时，增加通过CURL处理 PayPal IPN
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更新了PayPal，Linkpoint (改名为 FirstData) 和Authnet 支付模块
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单独分开内置的税栏
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增加简易页面的独立样式
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修复默认SQL文件中国家、货币的错误 (删除了旧的国家等)
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修复/更新/增加了各种通知调用
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初步兼容MySQL 6-alpha
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更新 spiders.txt 文件提高效率并更新数据
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改进configure.php 文件的只读检测 (如果可写且权限允许，将自动设置为只读)
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多种性能提高，包括释放浪费的内存来提高速度
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默认打开 PHP错误记录，因为错误不显示到浏览器 (基于安全考虑) (可以在管理页面的商店管理中清空日志)
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在信用卡号码栏目关闭自动填写功能，防止浏览器记录、恢复信用卡信息
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通知朋友功能防止垃圾信息
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管理登录页面的保护 - 增加了延时防止暴力破解密码