可以使用命令行工具管理MySQL数据库（命令mysql 和 mysqladmin），也可以从MySQL的网站下载图形管理工具MySQL Workbench[6]。前者是用来取代旧有的MySQL Administrator和MySQL Query Browser。
Navicat导航猫 for MySQL 是一套专为 MySQL 设计的强大数据库管理及开发工具。它可以用于任何版本的 MySQL 数据库，并支持大部份 MySQL的功能，包括触发器、索引、查看等。
phpMyAdmin是由PHP写成的MySQL数据库系统管理程序，让管理者可用Web接口管理MySQL数据库。借由此Web接口可以成为一个简易方式输入繁杂SQL语法的较佳途径，尤其要处理大量数据的导入及导出更为方便。其中一个更大的优势在于由于phpMyAdmin跟其他PHP程序一样在网页服务器上运行，但是您可以在任何地方使用这些程序产生的HTML页面，也就是于远程管理你的MySQL数据库。使用phpMyAdmin您就可以方便的创建、修改、删除数据库及数据表。
phpMyBackupPro[8]也是由PHP写成的，可以通过Web接口创建和管理数据库。它可以创建伪cronjobs，可以用来自动在某个时间或周期备份MySQL数据库。