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项目类别管理功能：可以将相关的项目分组管理。
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组件/模块负责人功能：可以将项目的不同组件/模块指派相应的负责人，来处理所负责的组件 的问题。
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项目 Email 地址功能：每个项目可以有不同的 Email（该项目的通知邮件从该地址发出）。
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LDAP 集成：用于将 JIRA 连接到 LDAP 目录上进行用户的认证。
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问题安全级别：在项目里可以精确地控制用户对问题的访问。
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无限制的工作流：可以创建多个工作流为不同的项目使用。
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工作流模型功能：不同的 Issue 类型可以使用不同的工作流。
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管理项目角色成员：项目管理人员能够管理所负责项目下的项目角色成员。
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问题类型界面模型功能：一个项目中的不同 Issue 类型可以使用不同的界面模型。
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自动配置模型功能：可以将自动配置与问题类型、项目关联起来。
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自动界面 Tabs 功能：将内容复杂的界面分割到多个 Tab 中。
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每个过滤器的列排序功能：可以为每一个过滤器指定列序!
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子任务功能：可以在某个问题下创建子任务；
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共享过滤器功能：一个团队成员可以访问共享的过滤器；
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界面模型功能：不同的项目可以使用不同的界面模型；
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多个 Dashboards 功能：用户可以定制自己的 JIRA 界面数字面板；
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多个界面模型功能：用户可以定义多个界面模型，不同的项目可以使用不同的界面模型；
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工作流定制：可以对工作流进行编辑，但系统中所有项目只能使用同一个工作流；
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无限制的 CVS repositories：每一个项目可以添加多个 CVS Repository。
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过滤器订阅
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自定义字段
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可定制的全局或用户的列显示顺序
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可配置的邮件通知模型
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可配置的权限模型
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项目级权限控制
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Email（Issue 的更新通过 Email 发送到邮箱；通过 Email 提交 Issue）
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RSS（最新的每一个搜索的 RSS feed – 在 RSS aggregator 中跟踪项目的进展）
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Microsoft Excel（在 Excel 中查看 Issue 数据）
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Remote APIs（SOAP，XML-RPC 编程接口）